Podés automatizar la creación del certificado usando Afip SDK, sin que el usuario lo haga manualmente. El comercio debe brindarte su CUIT, usuario y clave de ARCA para que tu plataforma genere el certificado automáticamente mediante la automatización "create-cert-dev" o "create-cert-prod" según el ambiente. Alternativamente, el usuario puede crear el certificado manualmente y subirlo a tu sistema, pero la opción automática es más sencilla para integraciones SaaS y multi-comercio.
Luego, el certificado debe ser autorizado para el web service correspondiente. Todo el proceso está documentado y soportado por Afip SDK, tanto para generación automática como manual del certificado y su autorización para facturación electrónica. Más detalles en este post y guía de automatización. ¿Te gustaría ver el paso a paso o ejemplos de código?
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